Die erste Erwähnung einer Kirche zu Altendresden stammt aus dem Jahre 1421. Sie wurde nach ihrem Altarbild »Zu den Heiligen Drei Königen« genannt. Altendresden hieß der Ort rechts der Elbe gegenüber der markgräflichen Stadt und Burg Dresden. Als 1685 ein Großbrand Altendresden heimsuchte, sank auch die Dreikönigskirche in Schutt und Asche. Bereits 1688 war die Kirche durch den Ratsmaurermeister Johann Benedikt Knöffel und durch den Zimmermeister Andreas Voigt zum gottesdienstlichen Gebrauch wieder hergestellt worden und erhielt bis 1730 einen Kirchturm.

Nach dem Willen Kurfürst Friedrich Augusts I. (der Starke, als König von Polen August II.) sollte Altendresden zur »Neuen Königstadt« umgebaut werden. Deshalb wurden ab 1732 zahlreiche Gebäude abgebrochen. Die Dreikönigskirche musste von ihrem ursprünglichen Standort in der Nähe des heutigen Goldenen Reiters weichen, um der als breite Allee angelegten Hauptstraße Platz zu machen. An dieser Magistrale entstand zwischen 1732 und 1739 nach Plänen des Zwingerarchitekten Matthäus Daniel Pöppelmann die barocke Dreikönigskirche. Die Bauausführung und die Innengestaltung wurde von Ratszimmermeister George Bähr (Erbauer der Frauenkirche) übernommen. Am 29. September 1739 (Michaelis) weihte Superintendent Valentin Ernst Löscher die Dreikönigskirche. Zwischen 1854 und 1859 wurde der 87,5m hohe Sandsteinturm nach Plänen von Karl Moritz Hänel und Frommherz Lobegott Marx errichtet.

Bis zur Einweihung der Martin-Luther-Kirche (1887) war die Dreikönigskirche mit ihren 3.000 Plätzen die einzige evangelisch-lutherische Pfarrkirche in der Dresdner Neustadt.

In den Jahren 1933/34 erfuhr die Kirche unter Leitung des Dresdner Architekten Rudolph Kolbe eine umfassende Restaurierung mit dem Ziel, die freudige Atmosphäre einer Barockkirche wiederzugewinnen.

Am 13. Februar 1945 brannte die Kirche im Bombenhagel aus. In den Nachkriegsjahren wurde mit großem Engagement die Ruine enttrümmert. In der Turmkapelle des erhalten gebliebenen Kirchturmes konnten Gottesdienste gefeiert werden.

Erst 1977 wurde die Genehmigung zum Wiederaufbau der Dreikönigskirche erteilt, nachdem es vorher bereits Pläne zu ihrem Abriss gegeben hatte. Im Rahmen des Sonderbauprogramms der Evangelischen Kirche Deutschlands konnte am 31. Oktober 1984 der Grundstein gelegt werden, am 9. September 1990 wurde die »Dreikönigskirche – Haus der Kirche geweiht«.

Die Dreikönigskirche ist die älteste Kirche in der heutigen Dresdner Neustadt. Die erste Kunde von einem Kirchenbau reicht ins Jahr 1421 zurück. Das mittelalterliche Gotteshaus überragte die Umgebung mit ihren steilen Dächern und den beiden spitzen Dachreitern über Schiff und Chor. Mit der Reformation wurde die alte Kirche abgebrochen. Altendresden brannte im Jahre 1685 ab. Im Zuge der städtebaulichen Neuordnung unter Kurfürst Friedrich August I. kam es zu einem Neubau. Die Dreikönigskirche wurde an die Westseite des Nordabschnitts der Hauptstraße verlegt. Grundlage für den Neubau 1732/39 dienten Entwürfe von Mattäus Daniel Pöppelmann. Weil ihr Hauptzugang an der Hauptstraße liegen sollte, wurde die Kirche nicht geostet. Der Sandsteinturm kam erst 1857 zur Vollendung. Er stellt ein eindrucksvolles Bindeglied zwischen dem Barock und der Baukunst des 19. Jahrhunderts dar. Nach der Zerstörung 1945 bekam die Kirche erst 1977 die benötigte behördliche Genehmigung für den Wiederaufbau. Der im 18. Jahrhundert noch auf dem alten Friedhof platzierte Dresdner Totentanz von Christoph Walther I wurde erst 1990 unterhalb der Orgelempore eingefügt. 1991 war der barocke Monumentalbau vollständig wiedererstanden.